La Facultad de Ciencias tiene como fines formar científicos en las áreas Físico-Matemáticas y de las Ingenierías, y de las Ciencias Biológicas, Químicas y de la Salud; realizar investigación y hacer la divulgación que permita elevar sustancialmente la cultura científica del país. Es reconocida como una de las instituciones líder en la formación de científicos debido a la alta calidad de sus actividades, productos y servicios; a la fortaleza y productividad de sus vínculos con los distintos sectores sociales y económicos del país.

Fiel a su excelencia participa en diversos programas de posgrado enfocados a las ciencias, la ingeniería y la educación, entre los que se encuentran: Ciencia e Ingeniería de Materiales, Astronomía, Ciencias del Mar y Limnología, Especialización en Microscopía Electrónica en Ciencias Biológicas, Filosofía de la Ciencia y Maestría en Docencia para la Enseñanza Media Superior (MADEMS).